Á árinu 2008 var halli á rekstri sjúkrahússins að fjárhæð 1.185 millj. kr. Reksturinn er afar háður gengi íslensku krónunnar og um 900 millj. kr. af þeim halla er rakinn beint til gengisfalls krónunnar og því hefði rekstur spítalans verið mjög nálægt jafnvægi ef stöðugleiki hefði ríkt. Í þessu ljósi ákvað heilbrigðisráðuneytið, að höfðu samráði við fjármálaráðuneytið, að krefjast þess ekki að spítalinn jafnaði uppsafnaðan halla á árinu 2009. Sú fjárhagsáætlun sem gerð var hlaut staðfestingu og samþykki af hálfu ráðuneyta.
Í skýrslu Ríkisendurskoðunar um fjármálastjórn 50 ríkisstofnana fær bókhald, fjárhagsáætlanir og innra eftirlit Landspítala góða einkunn. Þær athugasemdir sem gerðar eru við fjármálastjórn spítalans lúta að þeim halla sem verið hefur á rekstri spítalans á undanförnum árum og þá sér í lagi á síðustu tveimur árum sem eins og áður segir er að stórum hluta tilkominn vegna óhagstæðrar gengisþróunar. Sá halli hefur leitt til þess að neikvætt eigið fé hans í lok árs 2008 nam 1.622 millj. kr.